우리 학회는 선박건조 및 선박운항 분야의 기술력 발전을 위하여 1976년에 창립되었으며(한국항해학회), 관련 학계 및 업계 인사들 간의 활발한 교류를 통하여 이 분야의 발전에 기여하고, 국제적으로는 외국학회와의 광범한 제휴를 통하여 우리나라 선박건조 및 선박운항 기술의 발전에 초석이 되어오고 있음. 한편, 한국항만학회는 항만의 건설 및 항만을 이용한 다양한 물류 활동에 필요한 기술력 발전을 위하여 1985년에 창립되었으며, 항만의 건설을 위한 해양토목, 항만의 효율적 운영을 위한 자동화, 물류 수송계획 등을 주요 학문 분야로 하여 국내 해상운송 활성화를 위한 기술 발전에 기여해 오고 있음.

해상운송에 있어서 필수적인 두 학문 분야는 상호 보완적인 관계이며 상호 학문분야의 교류 및 융합이 더욱 더 효율적이라는 의견에 따라, 2002년에 한국항해학회와 한국항만학회를 통합하여 현재의 한국항해항만학회가 출범되었고, 현재 선박운항과 해사산업 및 항만지역사회의 균형있는 발전을 도모하고 이와 관련된 분야의 학문과 기술에 관한 연구 및 산학협동에 주력하고 있음.

2007년 1월 23일에는 해양수산부로부터 사단법인 설립허가증(해양수산부 제135호)을 받아서, 동년 2월 9일 부산지방법원에 등기(등록번호 185171-0003499)함으로써 사단법인으로 재출범하여 오늘에 이르렀으며, 현재 국내외 가입 회원 수 1621명, 특별회원 37개 단체가 가입되어 있음.

한국항해항만학회는 발간 학술지의 전문성과 특수성 강화를 위하여 학문분야의 집중화에 노력해 오고 있으며, 각 세부 학술 분야별 전문화를 위하여 다양한 학술연구회를 설립하여 운영하고 있음. 또한, ANC(Asia Navigation Conference), ACMSSR(Asian Conference on Maritime System and Safety Research) 및 AMEF(Asia Maritime English Forum)의 창립 및 주도적 운영 담당은 물론, IAIN(International Association of Institutes of Navigation) 총회 유치 등 국제적 활동을 활발하게 해오고 있음 2015년에는 대한조선학회, 한국해안·해양공학회, 한국해양공학회, 한국해양학회 및 한국해양환경·에너지학회로 구성된 한국해양과학기술협의회에 가입하여 관련 분야 학회들과 공동으로 학술대회를 개최하는 등 관련 연구단체와의 협업체계를 강화하고 있으며, 정부기관 및 관련 산업계화의 협력을 위해 다양한 활동을 펼쳐오고 있음.


참고로 1997년 이후 학술대회 개최 사항은 아래와 같음